Die MDSAP Audits führen die sogenannten „Auditing Organizations“ (AO) durch. Zu diesen AOs zählen auch einige benannte Stellen wie der TÜV Süd, der TÜV Rheinland und DQS-med. Benannte Stellen sind aber nicht automatische als AO autorisiert.
Die FDA führt auf ihrer Webseite eine Liste der Auditing Organizations und eine Liste der von der ANVISA anerkannten AOs.